El actual edificio militar pudo tener su origen en una construcción de menor tamaño surgida en el siglo XII, posiblemente en le segunda mitad, para intentar detener el avance de los reinos cristianos. Caudete tuvo, desde su conquista, una escasa pero permanente población musulmana, dedicada ésta a la agricultura de regadío que tan ampliamente desarrollaron los musulmanes en la península. A época almohade corresponden los muros que interiormente conserva la muralla, realizados con la técnica del tapial (barro amasado). La entrada al castillo, hoy desmantelada, se situaría al este, en forma de zig-zag (como muchas fortalezas de origen musulmán) y defendida por una de las torres.
La villa de Caudete fue conquistada por las tropas cristianas de Jaime I de Aragón en 1240. En virtud del Tratado de Almizra pasa a depender de Castilla en 1244, otorgándole el entonces infante Alfonso X el Sabio a Sancho Sánchez de Mazuelo la posesión del Castillo y la plaza de Caudete. En 1256 Mazuelo vende dicha posesión a Gregorio García. Hablándose entonces de que Caudete era un poblado habitado mayoritariamente por mudéjares.
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